Mit Beginn seines Studiums übernahm Jörg Walter die Kirchenmusikerstelle in der Katholischen Gemeinde St. Marien Berlin-Heiligensee und wechselte 2001 für fünf Jahre als Kirchenmusiker in die Evangelische Gemeinde Alt-Schöneberg. Dort gründete er den Neuen Chor und das Neue Kammerorchester der Gemeinde und etablierte die Sommerkonzertreihe "Alt-Schöneberger Kirchenmusiksommer".

Seit 1. Oktober 2006 arbeitet er als Kantor in der Evangelischen Kirchengemeinde Berlin-Frohnau und als Kreiskantor im Kirchenkreis Berlin-Reinickendorf.